Dissertations

Dissertations

2020

under the supervision of prof. dr hab. Cezary Czaplewski

Izabela Giecewicz (III bioinformatyka, licencjat) Wyznaczenie potencjału średniej siły dla oddziaływań nanocząstek w cieczy jonowej na podstawie symulacji dynamiki molekularnej.

Karolina Borkowska (III bioinformatyka, licencjat) Testy portalu UNRES-Dock do dokowania białek i peptydów.

2019

under the supervision of dr hab. Artur Giełdoń:

Joanna Tomczak (III bioinformatyka, licencjat) Teoretyczne badania kompleksowania jonów miedzi Cu 2+ przez cystatynę C.

2018

under the supervision of dr hab. Cezary Czaplewski, prof. UG

Remigiusz Smardzewski (II MSU chemia, mgr) Rozszerzenie portalu unres-server.chem.ug.edu.pl o modelowanie startowych konformacji pętli nieokreślonych w eksperymentalnych strukturach białek.

Michalina Komorowska (III bioinformatyka, licencjat) Udokładnianie struktur białek z wykorzystaniem gruboziarnistego modelu UNRES.

2016

under the supervision of dr hab. Cezary Czaplewski, prof. UG

Monika Chodak (III bioinformatyka, licencjat) Symulacje dynamiki molekularnej z wymianą replik w gruboziarnistym polu siłowym UNRES dla wybranych białek.

Jacek Mońko (III bioinformatyka, licencjat) Program dodający wykluczenia do listy oddziaływań międzyatomowych w plikach z topologiami w pakiecie AMBER.

Remigiusz Smardzewski (III bioinformatyka, licencjat) Testy pakietu UNRES przeprowadzone na wybranych wersjach systemu linux.

Dominika Zawacka (III bioinformatyka, licencjat) Dokowanie wybranych peptydów do podjednostek ß5/ß6 proteasomu 20S.

2014

under the supervision of dr Artur Giełdoń:

Lech Olczak (II MSU chemia, mgr) Wpływ warunków symulacji na przewidywanie właściwości fizyko-chemicznych dla wybranych cieczy jonowych.
Mateusz Pikora (informatyka, mgr) Wprowadzenie nowych oraz modyfikacja już istniejących funkcji programu RasMol, usprawniających analizę danych biomolekularnych.

under the supervision of dr hab. Cezary Czaplewski, prof. UG:

Andrei Niadzvedtski (III bioinformatyka, licencjat) Modelowanie zwijania turnicyny H w polu siłowym UNRES.
Andreas Doreng (III chemia, licencjat) Badanie gęstości cieczy jonowych za pomocą metod mechaniki molekularnej.
Bartosz Gryta (III chemia, licencjat) Obliczenia TD DFT dla stanów wzbudzonych pochodnych acetylenu.

2013

under the supervision of dr hab. Cezary Czaplewski, prof. UG:

Karol Badowski (III bioinformatyka, licencjat) Wykorzystanie kart graficznych (GPU) w symulacjach dynamiki molekularnej.